L'église Saint-Jean était initialement l'église paroissiale de la cité avant l'adoption de la Réforme luthérienne. Simultanée de 1682 à 1792, elle devient le temple de la Raison puis revient à la paroisse protestante en 1803. L'église Saint-Jean-l'Évangéliste a connu de nombreux remaniements depuis le VIIIe siècle, seuls vestiges de cette période, l'ancien oratoire et le linteau de fenêtre sculptée de l'Agneau de Dieux. Le clocher roman date du XIIIe siècle, la nef et les collatéraux furent construits entre 1504 et 1513, Martin Bucer y a prêché la Réforme en 1522 et 1523 aux wissembourgeois. Le 22 juillet 1725 un frère capucin y publia le mariage de Marie Leszczynska et de Louis XV. Le patrimoine de l'église Saint-Jean comprend des fresques peintes du XIVe siècle. Son orgue Muhleisen date de 1961, il a pris la place de l'orgue d'André Silbermann de 1720 détruit lors de la dernière offensive lancée par Hitler, le 31 décembre 1944 l'opération "Nordwind" "Vent du Nord" pendant la Seconde Guerre Mondiale. Depuis 2005 l'église Saint-Jean accueille tous les ans, de la fin août à début septembre, le Festival International de Musique de Wissembourg consacré principalement à la musique de chambre et au piano. L'église Saint-Jean-l'Evangéliste est classée aux Monuments Historiques depuis 1898.